Развитие основных направлений научных исследований в заповеднике осуществляется в соответствии с Менеджмент-планом, в основу которого положена Севильская стратегия и «Мадридский план действий (2008-2013)»
Погодные условия и микроклимат; гидрологический режим территории; фенология и сезонная динамика растительных сообществ; структура и численность популяций фоновых и индикаторных видов животных; динамика численности хозяйственно ценных и редких видов фауны.
Базы данных
Начиная с середины 90-х годов прошлого столетия, в заповеднике проводятся работы по организации получаемой в заповедном комплексе информации в электронные базы данных (БД).
Ландшафтные исследования
Ландшафтные исследования на территории заповедника начаты в 1994 году сотрудниками лаборатории биогеоценологии Института проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова РАН при поддержки грантов РФФИ...
Работы по проектированию, разработке и внедрению в деятельность Центрально-Лесного заповедника геоинформационных систем осуществляется в рамках Менеджмент-плана заповедника, выполненного в соответствии с принципами организации биосферного резервата.